- Madeira Story Centre
Madeira Story Centre je múzeum, kde sa môžete dozvedieť veľa informácií o histórii ostrova. Múzeum sa nachádza v starom centre mesta a umožňuje návštevníkom ʺ cestovať v čase ʺ a zúčastniť sa na dôležitých historických udalostiach o ostrove (od vzniku ostrova 14 miliónov rokov dozadu cez objavenie ostrova až po prítomnosť).Výstava zahŕňa niekoľko tém, ako napríklad sopečný pôvod, objavenie Madeiry, rozkvet a poznanie Madeiry.
- Múzeum moderného umenia
Múzeum moderného umenia nájdete v pevnosti São Tiago. Budova múzea je posudzovaná ako súčasť historického dedičstva Madeiry. Múzeum usporadúva rozličné výstavy a tiež vystavuje práce z iných inštitúcií a galérií.
- Múzeum cukru
Muzeum je venované cukru, ktorý mal hlavnú úlohu v upevňovaní ostrova. Návštevníci múzea si môžu pozrieť históriu cukroviniek na ostrove Madeira a zoznámiť sa s vplyvom,ktorý malo toto odvetvie na sociálnu a hospodársku situáciu v priebehu 15. – 17. storočia.Mnoho zbohatlíkov z ostrova zbohatlo práve na obchode s cukrom. Medzi nimi bol aj Krištof Kolumbus. Medzi exponáty, ktoré sú súčasťou zbierky múzea patria napríklad staré mapy alebo druhy nástrojov (mapy mesta Funchal z roku 1572).
- Múzeum sakrálneho umenia (Museo de arta Sacra)
Múzeum sa nachádza v budeve, ktorá bola v minulosti biskupským sídlom. Väčšia časť z výstavy, napríklad šperky, sochy a obrazy pochádza zo 16. – 17. storočia. Jedným z najvzácnejších predmetov v múzeu je postriebrený procesný kríž portugalského kráľa Manuela I.
- Múzeum elektrickej energie (Casa da Luz)
Múzeum sa zameriava na svet elektriny a medzi exponátmi nájdete zariadenia a prístroje z minulého storočia. V tom čase prišla elektrina ešte len na ostrov. Zaujímavosťou je, že až do roku 1950 nebola vedľa centra Funchal žiadna elektrina.
- Múzeum hračiek
Múzeum vás prenesie do detstva do sveta hračiek. Založil ho v roku 2003 José Manuel Borges Pereira. V múzeu sa nachádza približne 12 000 starožitných zachovalých hračiek, napríklad bábiky, autíčka, lietadlá, stavebnice,…
- Múzeum moderného umenia (Casa das Mudas arts centre)
Múzeum sa nachádza v obci Calheta, ktorá sa rozprestiera na vrchole útesu s nádherným výhľadom na oceán. V múzeu sa nachádzajú zaujímavé zbierky moderných umení. Múzeum bolo založená aj za účelom podpory umenia.Múzeum často usporadúva rozličné akcie a vystavuje exponáty slávnych umelcov, ako napríklad Pabla Picassa, Salvadora Dalího, Francisa Bacona,…
8. Prírodovedecké múzeum (alebo iný názov: Mestské múzeum vo Funchale)
Toto múzeum bolo založené v roku 1929 mestskou radou vo Funchale. Toto múzeum sa považuje za najstaršie múzeum na Madeire, oficiálne bolo prvýkrát otvorené v roku 1933. Nachádza sa v paláci São Pedro v meste Funchal a patrí medzi najvýznamnejšie diela portugalskej architektúry z 18. storočia. V súčasnosti sa v tomto múzeu nachádza viac ako 41 000 rôznych živočíšnych druhov, vrátane rôznych druhov rýb, vtákov, morských a suchozemských cicavcov, morských plazov, hmyzu, iných bezstavovcov, zbierky skál a minerálov z Madeiry a morských fosílií z ostrova Porto Santo. V záhrade s plochou 560 m2 si návštevníci môžu pozrieť desiatky liečivých, aromatických rastlín a pôvodných rastlín z Madeiry. V Prírodovednom múzeu vo Funchale sa na prízemí nachádza 15 presklených akvárií, v ktorých sú umiestnené najdôležitejšie prvky pobrežnej morskej fauny Madeiry.